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tRNADB-CE
: tRNA gene database curated manually by experts
Takashi Abe
1
, Toshimichi Ikemura
2
, Junichi Sugahara
3
, Akio Kanai
3
, Yasuo Ohara
2
, Hiroshi Uehara
2
, Makoto Kinouchi
4
,
Shigehiko Kanaya
5
, Yuko Yamada
2
, Akira Muto
6
, Hachiro Inokuchi
2
1
. Niigata Univ.,
2
. Nagahama Inst. of Bio-Sci. and Tech.,
3
. Keio Univ.,
4
. Yamagata Univ.,
5
. NAIST,
6
. Hirosaki Univ.
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HOW TO USE
tRNA gene List
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
HIT:
29 sequence(s).
Download Sequence
View ClustalW result
The reliable tRNA genes
All candidate tRNA genes
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
>WENV180400030
OBRE01006041
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
1
75
+
Gln
TTG
[ENA]
¢þ
>WENV180400005
OBRE01000348
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
5
81
+
fMet
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180400015
OBRE01003530
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
53
127
+
Lys
TTT
[ENA]
¢þ
>WENV180400008
OBRE01001067
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
79
155
+
Trp
CCA
[ENA]
¢þ
>WENV180400025
OBRE01005279
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
93
179
+
Leu
TAA
[ENA]
¢þ
>WENV180400007
OBRE01000982
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
108
32
-
Arg
CCG
[ENA]
¢þ
>WENV180400024
OBRE01005070
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
111
27
-
Leu
CAA
[ENA]
¢þ
>WENV180400027
OBRE01006031
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
112
188
+
Asp
GTC
[ENA]
¢þ
>WENV180400026
OBRE01006030
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
127
52
-
Glu
TTC
[ENA]
¢þ
>WENV180400023
OBRE01004743
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
127
52
-
Ala
TGC
[ENA]
¢þ
>WENV180400019
OBRE01003622
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
149
76
-
Cys
GCA
[ENA]
¢þ
>WENV180400016
OBRE01003530
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
158
233
+
Val
TAC
[ENA]
¢þ
>WENV180400029
OBRE01006034
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
170
94
-
fMet
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180400028
OBRE01006032
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
176
101
-
Phe
GAA
[ENA]
¢þ
>WENV180400018
OBRE01003564
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
178
94
-
Leu
TAG
[ENA]
¢þ
>WENV180400011
OBRE01001149
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
180
104
-
Arg
ACG
[ENA]
¢þ
>WENV180400014
OBRE01002853
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
188
105
-
Leu
GAG
[ENA]
¢þ
>WENV180400021
OBRE01003948
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
191
116
-
His
GTG
[ENA]
¢þ
>WENV180400022
OBRE01004743
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
212
136
-
Ile
GAT
[ENA]
¢þ
>WENV180400013
OBRE01002125
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
214
130
-
Tyr
GTA
[ENA]
¢þ
>WENV180400017
OBRE01003564
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
294
220
-
Gln
TTG
[ENA]
¢þ
>WENV180400020
OBRE01003948
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
338
262
-
Pro
TGG
[ENA]
¢þ
>WENV180400010
OBRE01001149
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
339
247
-
Ser
GCT
[ENA]
¢þ
>WENV180400009
OBRE01001080
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
349
425
+
Arg
TCT
[ENA]
¢þ
>WENV180400012
OBRE01001942
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
546
471
-
Asn
GTT
[ENA]
¢þ
>WENV180400006
OBRE01000672
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
830
905
+
Gly
GCC
[ENA]
¢þ
>WENV180400003
OBRE01000269
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
1098
1174
+
Met
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180400004
OBRE01000269
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
1197
1282
+
Leu
CAG
[ENA]
¢þ
>WENV180400002
OBRE01000004
[OBRE] human gut metagenome; ENVO:feces
4138
4061
-
Leu
TAA
[ENA]
¢þ
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
Download Sequence
View ClustalW result
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