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tRNADB-CE
: tRNA gene database curated manually by experts
Takashi Abe
1
, Toshimichi Ikemura
2
, Junichi Sugahara
3
, Akio Kanai
3
, Yasuo Ohara
2
, Hiroshi Uehara
2
, Makoto Kinouchi
4
,
Shigehiko Kanaya
5
, Yuko Yamada
2
, Akira Muto
6
, Hachiro Inokuchi
2
1
. Niigata Univ.,
2
. Nagahama Inst. of Bio-Sci. and Tech.,
3
. Keio Univ.,
4
. Yamagata Univ.,
5
. NAIST,
6
. Hirosaki Univ.
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HOW TO USE
tRNA gene List
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
HIT:
100 sequence(s).
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The reliable tRNA genes
All candidate tRNA genes
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
>WENV180404238
OBRV01006912
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1
76
+
Lys
TTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404157
OBRV01000024
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
3
89
+
Leu
CAG
[ENA]
¢þ
>WENV180404223
OBRV01003079
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
14
87
+
fMet
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404164
OBRV01000074
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
19
94
+
Phe
GAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404241
OBRV01008985
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
25
98
+
Gln
CTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404245
OBRV01011693
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
30
103
+
Gln
TTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404228
OBRV01003919
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
35
108
+
Cys
GCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404244
OBRV01011327
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
64
148
+
Leu
TAG
[ENA]
¢þ
>WENV180404243
OBRV01009438
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
92
21
-
Gly
GCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404215
OBRV01002343
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
93
167
+
Asn
GTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404224
OBRV01003079
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
93
167
+
Phe
GAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404212
OBRV01001846
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
102
15
-
Ser
GGA
[ENA]
¢þ
>WENV180404204
OBRV01001615
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
126
202
+
Arg
TCT
[ENA]
¢þ
>WENV180404246
OBRV01011693
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
127
200
+
Glu
TTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404158
OBRV01000024
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
132
208
+
Pro
TGG
[ENA]
¢þ
>WENV180404202
OBRV01001129
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
133
57
-
Met
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404248
OBRV01016159
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
135
60
-
Val
TAC
[ENA]
¢þ
>WENV180404198
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
140
64
-
Asp
GTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404236
OBRV01005198
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
141
69
-
Asp
GTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404156
OBRV01000021
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
149
74
-
His
GTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404217
OBRV01002405
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
160
234
+
Val
TAC
[ENA]
¢þ
>WENV180404247
OBRV01016053
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
164
90
-
Gln
TTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404184
OBRV01000612
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
170
95
-
Ala
GGC
[ENA]
¢þ
>WENV180404240
OBRV01007441
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
180
96
-
Tyr
GTA
[ENA]
¢þ
>WENV180404242
OBRV01009438
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
183
109
-
Thr
TGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404225
OBRV01003079
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
183
265
+
Tyr
GTA
[ENA]
¢þ
>WENV180404230
OBRV01003923
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
192
117
-
Ala
TGC
[ENA]
¢þ
>WENV180404232
OBRV01004266
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
200
275
+
Lys
TTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404237
OBRV01005661
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
202
127
-
Glu
TTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404216
OBRV01002378
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
205
294
+
Ser
CGA
[ENA]
¢þ
>WENV180404201
OBRV01001129
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
214
139
-
fMet
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404197
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
221
146
-
Val
TAC
[ENA]
¢þ
>WENV180404235
OBRV01005198
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
238
166
-
Val
TAC
[ENA]
¢þ
>WENV180404218
OBRV01002405
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
239
313
+
Lys
TTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404239
OBRV01007441
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
258
184
-
Thr
TGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404234
OBRV01004978
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
264
189
-
Phe
GAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404226
OBRV01003079
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
268
340
+
Trp
CCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404155
OBRV01000021
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
284
208
-
Arg
CCG
[ENA]
¢þ
>WENV180404231
OBRV01004248
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
294
366
+
Trp
CCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404205
OBRV01001615
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
298
373
+
His
GTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404196
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
303
229
-
Glu
TTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404229
OBRV01003923
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
311
235
-
Ile
GAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404200
OBRV01001129
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
322
236
-
Leu
TAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404233
OBRV01004285
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
322
248
-
Cys
GCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404219
OBRV01002405
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
328
411
+
Leu
TAG
[ENA]
¢þ
>WENV180404227
OBRV01003079
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
350
424
+
His
GTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404206
OBRV01001615
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
377
451
+
Gln
TTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404222
OBRV01002437
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
381
308
-
Trp
CCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404195
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
384
310
-
Thr
TGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404203
OBRV01001534
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
401
327
-
Arg
ACG
[ENA]
¢þ
>WENV180404220
OBRV01002405
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
417
492
+
Thr
TGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404207
OBRV01001615
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
459
534
+
Lys
TTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404194
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
493
417
-
Asp
GTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404221
OBRV01002405
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
497
568
+
Gly
GCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404208
OBRV01001615
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
542
625
+
Leu
TAG
[ENA]
¢þ
>WENV180404213
OBRV01002034
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
562
646
+
Tyr
GTA
[ENA]
¢þ
>WENV180404193
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
574
499
-
Val
TAC
[ENA]
¢þ
>WENV180404214
OBRV01002081
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
607
532
-
Ala
TGC
[ENA]
¢þ
>WENV180404209
OBRV01001615
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
631
705
+
Gly
GCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404192
OBRV01000975
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
656
582
-
Glu
TTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404211
OBRV01001653
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
687
612
-
Ala
TGC
[ENA]
¢þ
>WENV180404172
OBRV01000224
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
707
620
-
Ser
TGA
[ENA]
¢þ
>WENV180404154
OBRV01000013
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
769
675
-
SeC
TCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404210
OBRV01001653
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
769
693
-
Ile2
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404190
OBRV01000840
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
777
853
+
Arg
TCT
[ENA]
¢þ
>WENV180404188
OBRV01000721
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
837
763
-
Gln
CTG
[ENA]
¢þ
>WENV180404199
OBRV01001081
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
842
752
-
Ser
TGA
[ENA]
¢þ
>WENV180404180
OBRV01000405
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
901
975
+
Arg
CCT
[ENA]
¢þ
>WENV180404178
OBRV01000265
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
960
884
-
Pro
GGG
[ENA]
¢þ
>WENV180404187
OBRV01000721
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
962
886
-
Met
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404183
OBRV01000450
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1045
1134
+
Ser
GGA
[ENA]
¢þ
>WENV180404191
OBRV01000956
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1236
1310
+
Glu
CTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404170
OBRV01000193
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1356
1281
-
Thr
GGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404182
OBRV01000423
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1430
1505
+
Asn
GTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404169
OBRV01000193
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1437
1363
-
Gly
TCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404185
OBRV01000701
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1526
1601
+
Pro
TGG
[ENA]
¢þ
>WENV180404168
OBRV01000193
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1638
1554
-
Tyr
GTA
[ENA]
¢þ
>WENV180404189
OBRV01000747
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1639
1715
+
Val
GAC
[ENA]
¢þ
>WENV180404186
OBRV01000701
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1642
1715
+
Gly
TCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404167
OBRV01000193
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
1722
1647
-
Thr
TGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404171
OBRV01000197
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
2488
2413
-
Thr
GGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404166
OBRV01000186
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
2635
2710
+
Thr
CGT
[ENA]
¢þ
>WENV180404181
OBRV01000422
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
2734
2660
-
Ala
TGC
[ENA]
¢þ
>WENV180404179
OBRV01000326
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
3228
3303
+
Lys
TTT
[ENA]
¢þ
>WENV180404175
OBRV01000253
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
3344
3268
-
Arg
ACG
[ENA]
¢þ
>WENV180404174
OBRV01000253
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
3619
3543
-
Arg
ACG
[ENA]
¢þ
>WENV180404173
OBRV01000253
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
3715
3623
-
Ser
GCT
[ENA]
¢þ
>WENV180404177
OBRV01000264
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
3941
3855
-
Leu
TAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404176
OBRV01000264
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
4027
3954
-
Cys
GCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404165
OBRV01000081
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
4423
4496
+
Gly
CCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404162
OBRV01000048
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
4576
4501
-
Ile2
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404160
OBRV01000046
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
4635
4711
+
Asp
GTC
[ENA]
¢þ
>WENV180404161
OBRV01000046
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
4720
4795
+
Trp
CCA
[ENA]
¢þ
>WENV180404151
OBRV01000005
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
8467
8391
-
Pro
CGG
[ENA]
¢þ
>WENV180404163
OBRV01000052
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
11870
11954
+
Leu
CAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404150
OBRV01000003
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
13837
13761
-
fMet
CAT
[ENA]
¢þ
>WENV180404159
OBRV01000038
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
15829
15752
-
Leu
TAA
[ENA]
¢þ
>WENV180404149
OBRV01000003
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
17706
17620
-
Leu
GAG
[ENA]
¢þ
>WENV180404153
OBRV01000006
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
19139
19064
-
Gly
GCC
[ENA]
¢þ
>WENV180404152
OBRV01000006
[OBRV] human gut metagenome; ENVO:feces
19250
19175
-
Gly
GCC
[ENA]
¢þ
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
Download Sequence
View ClustalW result
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